Набор Ion Total RNA-Seq Kit v2 включает реагенты, необходимые для подготовки репрезентативных библиотек кДНК для специфического секвенирования РНК на системах Ion GeneStudio S5, Ion Proton или Ion Personal Genome Machine (PGM). Системы Ion GeneStudio S5 и Ion Proton идеально подходят для секвенирования всего транскриптома (истощенного рибосомальной РНК или полиА), тогда как системы Ion GeneStudio S5 и Ion PGM подходят для вирусных и бактериальных транскриптомов. Версия 2 набора Ion Total RNA-Seq Kit является улучшением по сравнению с набором первого поколения. Очистка на основе магнитных частиц заменяет все этапы очистки фильтра, а общее время реакции сокращено до 6 часов.

Дополнительные характеристики нового набора Ion Total RNA-Seq Kit v2:

• Более высокая точность — добавлены SuperScript VILO и Platinum PCR SuperMix High Fidelity для наивысшей точности шаблона
• Совместимость со штрихкодом — работает с набором Ion Xpress RNA-Seq Barcode 01-16 для мультиплексирования
• Удобство автоматизации — очистка на основе магнитных частиц упрощает автоматизацию построения библиотеки

Как и в предыдущем наборе, набор Ion Total RNA-Seq Kit v2:

• Сохраняет информацию о цепях — все картированные считывания выровнены в направлении транскрипции относительно хромосомной цепи
• Позволяет анализировать различные типы РНК — поддерживает общую РНК, обедненную рРНК, и поли(А) РНК Набор

Ion Total RNA-Seq Kit v2 разработан для быстрой и гибкой подготовки библиотеки кДНК. Его можно использовать для создания репрезентативной библиотеки кДНК, фланкированной определенными последовательностями, необходимыми для секвенирования, из любого типа образца РНК.

Разработанный как комплексное решение с общим рабочим процессом, Ion Total RNA-Seq Kit v2 объединяет оптимизированные реагенты и протоколы для обнаружения кодирующей РНК, некодирующей РНК и альтернативных вариантов сплайсинга.

Анализ всего транскриптома
Протокол полного транскриптома позволяет создавать библиотеки, специфичные для конкретной цепи, примерно за 5 часов. Начиная всего с 100 нг общей РНК, создайте библиотеку из 1 нг поли(А) РНК или 25 нг рРНК-истощенной РНК, следуя протоколам обогащения РНК и создания библиотеки, представленным в руководстве. Поскольку библиотеки не ограничиваются кДНК, полученной только из поли(А) РНК, библиотеки Ion Total RNA-Seq Kit поддерживают более тщательное исследование сложности транскриптома, способное характеризовать известные и недокументированные транскрипты, включая альтернативные варианты сплайсинга, транскрипты слияния и SNP.

Сохранение информации о цепях
В отличие от методов, которые лигируют адаптеры к двухцепочечной ДНК, набор Ion Total RNA-Seq Kit v2 использует фирменную технологию Ambion для присоединения адаптеров направленным образом, что сохраняет информацию о цепях в полученных библиотеках. Кроме того, как 3'-, так и 5'-адаптеры присоединяются одновременно, что сокращает этапы лигирования и очистки.

Сохранение ориентации нитей во время построения библиотеки позволяет точнее определять структуру и уровень экспрессии транскриптов и может помочь в открытии новых областей транскрипции как из положительных, так и из отрицательных геномных нитей.

Набор Ion Total RNA-Seq Kit v2 предназначен для создания библиотек РНК из максимум 48 образцов для секвенирования всего транскриптома на системах Ion GeneStudio S5, Ion Proton или Ion PGM.