Массив Axiom Caprine Genotyping v2 является компонентом нашего решения Axiom Agrigenomics Genotyping, где целевая геномная ДНК подготавливается и обрабатывается на многоканальном инструменте GeneTitan. Автоматизированный процесс включает гибридизацию геномной ДНК с этим высокопроизводительным микромассивом с последующим окрашиванием, промывкой, визуализацией и выводом данных генотипирования для дальнейшего анализа.

Массив Axiom Caprine Genotyping v2 был разработан в сотрудничестве с Международным консорциумом по геному коз и Консорциумом VarGoats . Он включает однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) из чипа Illumina Goat_IGGC_65K_v2 и IMAGE 10K goat [ подробнее (PDF) ]. Этот массив также включает вставки, делеции и дупликации, нацеленные на 1–50 зондов вместе с 59 795 SNP и 265 структурными вариантами.

Этот массив также доступен в формате 384HT .

Особенности массива Axiom Caprine Genotyping v2 включают:
• Обновленный дизайн, включающий оригинальную панель SNP коз, что обеспечивает совместимость с предыдущими исследованиями
• Инновационный дизайн, который является первой попыткой нацелиться на структурные варианты (этот массив включает 265 структурных вариантов)

Содержимое массива
• Содержит 59 795 SNP, выбранных для высокопроизводительных производственных массивов на основе покрытия генома и наилучшего компромисса для включения наибольшего количества информативных SNP для видов коз
• В дизайн этого массива были включены следующие SNP: SNP с различными профилями MAF, SNP, выбранные в породах, не представленных в наборе данных обнаружения, SNP, которые могут присоединиться к текущим данным GBS и заполнить оставшиеся пробелы, включая митохондриальные маркеры, SNP в определенных регионах, Y-маркеры и структурные варианты

Приложения
• Исследования ассоциаций по всему геному
• Молекулярная селекция: картирование ассоциаций и геномный отбор
• Создание пользовательского массива путем выбора SNP из этого массива (каждый выбранный SNP продемонстрировал свою эффективность хорошо)