Система синтеза первой цепи SuperScript III для ОТ-ПЦР оптимизирована для синтеза первой цепи кДНК из очищенной поли(А) + или общей РНК. С помощью этой системы можно обнаружить РНК-мишени размером от 100 п.н. до >12 к.н., а количество исходного материала может варьироваться от 1 пг до 5 мкг общей РНК. Обратная транскриптаза SuperScript III — это версия M-MLV RT, разработанная для снижения активности РНКазы H и обеспечения повышенной термостабильности. Фермент используется для синтеза кДНК в диапазоне температур 42–55 °C, обеспечивая повышенную специфичность, более высокий выход кДНК и более полноразмерный продукт, чем другие обратные транскриптазы. Поскольку ОТ SuperScript III не ингибируется существенно рибосомной и транспортной РНК, ее можно использовать для синтеза первой цепи кДНК из препарата общей РНК.

Используя SuperScript III First-Strand System,
синтез кДНК выполняется на первом этапе с использованием либо общей РНК, либо поли(A) + -селектированной РНК, затравленной олиго(dT), случайными праймерами или геноспецифическим праймером. На втором этапе ПЦР выполняется в отдельной пробирке с использованием праймеров, специфичных для интересующего гена. Для реакции ПЦР мы рекомендуем одну из следующих ДНК-полимераз: Platinum Taq DNA Polymerase обеспечивает автоматические условия горячего старта для повышенной специфичности до 4 кб, Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity обеспечивает повышенный выход и высокую точность для целей до 15 кб, а Platinum Pfx DNA Polymerase обеспечивает максимальную точность для целей до 12 кб.